Помимо экономического сотрудничества в рамках ЕС, в который вступают страны Балтии, существует и сотрудничество в сфере безопасности (в рамках предстоящего членства прибалтийских государств в НАТО). Эксперты полагают, что существенно различающаяся специфика и масштаб проблем традиционной безопасности Балтии и России дают мало оснований для сотрудничества между ними. Но, добавляют они, возможности все-таки существуют. Так, по мнению Дынкина, весьма полезным опыт балтийских стран мог бы оказаться для преодоления тупика в российской военной реформе, где одним из камней преткновения является отсутствие комплексной подготовки младшего сержантского состава.
Однако сотрудничество в сфере безопасности, по мнению экспертов, скорее всего, будет заморожено до вступления стран Балтии в НАТО (2005 год), а до этого момента ограничится уже налаженным взаимодействием правоохранительных органов (в частности по охране границ).
На последнем совете Россия-НАТО, который на днях завершился в Москве, представители балтийских государств заявили, что после вступления их стран в Североатлантический блок, они готовы присоединиться к адаптированному договору об обычных вооружениях в Европе (ДОВСЕ). Министр обороны России Сергей Иванов высоко оценил намерение стран Балтии. Таким образом, этот регион перестанет быть неконтролируемой по количеству вооружений "серой" зоной Европы, граничащей с Россией.