Особые меры безопасности приняты и в Нью-Йорке, все службы города переведены в так называемый "режим Омега" — самую высокую степень готовности. Подъезды в зданиям федеральным ведомств, например к ФБР, полностью перекрыты.
Мэр Нью-Йорка Рудольф Джулиани уверил горожан, что власти делают все возможное для предупреждения атак. Он попросил их отнестись с пониманием к возможным перебоям в работе городских служб и призвал не удивляться и паниковать при встрече с бойцами Национальной гвардии. По его распоряжению именно гвардейцы будут патрулировать основные шоссе внутри и вне города.
Мэр сообщил, что несмотря на беспрецедентные меры безопасности, парад в честь Дня Колумба пройдет как обычно. Мэр также заметил, что за последние несколько недель уровень преступности в городе снизился на 8-9 процентов.