Схема работы биоэлектрохимических ячеек выглядит следующим образом. Вначале в ячейку, не содержащую воздуха, помещается мертвая муха. Специальные ферменты, имеющиеся у проживающих в канализации бактерий, разлагают хитин, которым покрыто тело мухи, с получением простых сахаров. Эти сахара участвуют в метаболизме бактерий, в результате которого генерируются свободные электроны. Эти электроны восстанавливают имеющиеся в канализационных стоках сульфат-ионы до сульфид-ионов, которые перемещаются к аноду. На аноде сульфид-ионы реагируют с водой, вновь окисляясь в сульфаты и отдавая электроны аноду. В результате этого процесса между анодом и катодом образуется разность потенциалов.
Пока количество энергии, вырабатываемое таким образом, не слишком велико. EcoBot II, оснащенный восемью ячейками, может передвигаться со скоростью примерно 10 см/ч. Каждые 12 минут робот накапливает достаточно энергии, чтобы передвинутся на 2 см. С другой стороны, прожорливым EcoBot II назвать тоже нельзя. На одной "заправке" из восьми мух робот двигался в течение пяти дней. В будущем разработчики планируют усовершенствовать свое детище, в частности, научить его самостоятельно добывать пищу. В качестве приманки для мух планируется использовать все те же канализационные стоки.