Мероприятия по учету птиц проводятся совместно с орнитологами Института биологии Латвийского университета. В результате исследований получена информация об изменениях видов и количества птиц в местах гнездования, а также оценена необходимость принятия дальнейших мер для обеспечения благоприятной среды для птиц. В отчете орнитологов говорится, что наибольший ущерб гнездящимся водоплавающим птицам наносит не хозяйственная деятельность порта, а хищники, которые уничтожают птичьи гнезда. Наиболее опасными считаются нападения норок и лис, но птицам, гнездящимся на суше, также угрожают атаки хищных пернатых с воздуха.
Рижский порт определенно можно назвать "самым зеленым" портом в Европе, поскольку 75 гектаров Рижского порта являются охраняемыми природными территориями, где запрещена хозяйственная деятельность. В Рижском порту находятся два охраняемых природных объекта - природный заказник "Krēmeri" и островок Милестибас (Mīlestības saliņa), который входит в состав природного парка "Piejūra", включенного в Natura 2000. Кроме того, территория порта напрямую граничит с природным заказником "Daugavgrīva" и заказником "Vecdaugava", что также необходимо учитывать при планировании работы и развития порта.
Управление Рижского Свободного порта заботится об уникальных биотопах в заповедниках, а также об охране окружающей среды на других территориях порта. Постоянно проводятся мероприятия по контролю над ситуацией в зеленых зонах, с тем, чтобы предотвратить загрязнение отходами и зарастание территорий кустарником и камышом. Особо благодарны за это живущие там птицы, которые селятся в районе порта как временно, в поисках пищи, так и для гнездования.
На островке Милестибас Управление Рижского Свободного порта построило 12-метровую башню для наблюдения за птицами, с которой можно увидеть весь остров с небольшими озерами и зарослями камыша, а также устье Даугавы и окружающие заболоченные земли, которые являются популярным местом обитания и гнездования птиц. В свою очередь, в природном заказнике "Krēmeri", который был создан специально для охраны мест гнездования птиц, Управление Рижского Свободного порта регулярно проводит рубку кустарника и обкос камыша, чтобы создать благоприятные условия для жизни и гнездования птиц.
Управление Рижского Свободного порта принимает специальные меры для создания новых или обновления существующих мест гнездования водоплавающих птиц на территории порта. Например, на небольшом острове Журку обитают такие виды как крачка, кулик-сорока, перевозчик, кряква, серая утка и серебристая чайка, и Управление регулярно проводит мероприятия по очистке территории, обеспечивая относительный покой в период гнездования, чтобы птицы не хотели покидать остров. В свою очередь, в природном заказнике "Krēmeri" были созданы искусственные островки и устроены специальные платформы для колоний водоплавающих птиц.