Ранним утром 22 июня 1941 года нацистская Германия напала на Советский Союз. Германия оккупировала территорию Литвы в первую же неделю войны. В тот же день в Каунасе началось так называемое Июньское восстание ― литовские силы, уже заранее объединившиеся в подпольную организацию "Литовский фронт активистов" (ЛФА), заняли стратегически важные места города.
23 июня ЛФА захватила несколько складов советской армии с боеприпасами и основательно вооружилась. Несколько групп литовских активистов заняли каунасские мосты, остальные освободили около 2000 заключенных. 24 июня советская армия получила приказ вернуть Каунас, однако ЛАФ удалось связаться с немецкими силами и попросить о помощи. Военно-воздушные силы Германии провели бомбардировку, и попытка вернуть Каунас провалилась. 25 июня июня в Каунас вошла немецкая армия. Бои в городе прекратились.
