В октябре 2009 года главы МИД Армении и Турции Эдвард Налбандян и Ахмед Давутоглу в Университете Цюриха подписали Протокол об установлении дипотношений и Протокол о развитии двусторонних отношений. Однако уже в декабре 2009 года премьер-министр Турции Эрдоган заявил, что Анкара не ратифицирует протоколы без разрешения карабахского конфликта. Таким образом, процесс переговоров завис.
Саргсян осудил то, что Анкара тормозит процесс международного признания геноцида армян 1915 года в Османской империи, а также то, что в карабахской проблеме она поддерживает Азербайджан.
Армяне всего мира отмечают 24 апреля каждого года годовщину геноцида армянского народа в Османской империи. Геноцид армян является первым геноцидом ХХ века. В конце 1914 — начале 1915 года турки, отступая на Кавказском фронте, вырезали армян, ассирийцев, греков. По всей стране проходили аресты видных армян, нападения на армянские деревни, в армии производились показательные казни военнослужащих нетурецкого происхождения. Турция традиционно отвергает обвинения в массовом истреблении около 1,5 миллиона армян в годы Первой мировой войны и крайне болезненно реагирует на критику со стороны Запада во вопросу армянского геноцида.
Факт геноцида армян признан многими странами, а также 42 из 50 штатов США.
Другая проблемная тема — Карабахский конфликт, который начался в феврале 1988 года. Тогда Нагорно-Карабахская автономная область объявила о намерении выйти из состава Азербайджанской ССР и войти в Армению. Это привело к открытому вооруженному противостоянию в регионе.
Азербайджан настаивает на освобождении занятых армянами территорий и возвращении беженцев, после чего предлагает определить статус Нагорного Карабаха. Армения, со своей стороны, защищает интересы Карабаха. С 1992 года переговоры по мирному урегулированию ведутся в рамках Минской группы ОБСЕ, сопредседателями которой являются США, Россия и Франция.
