Лодка с 44 членами экипажа на борту перестала выходить на связь 15 ноября. Причина исчезновения неизвестна, однако власти Аргентины полагают, что на борту мог произойти взрыв.
Если это подтвердится, то вероятность обнаружить кого-либо из членов экипажа живым сведется к нулю, и "Сан-Хуан" пополнит список крупнейших катастроф, произошедших на субмаринах, большая часть которых случилась не во время сражения, а в результате поломки или аварии.
Большинство из 118 человек на ее борту моментально погибло. 23 человека сумели выбраться в задний отсек, где ожидали, когда придет помощь, однако умерли от удушения спустя неделю после начала спасательной операции.
Ее обломки были найдены пять месяцев спустя. Причиной катастрофы, как полагают, стал случайный взрыв торпеды.
Относительно этой аварии существует целый ряд теорий, включая столкновение с неким американским кораблем, однако Вашингтон последовательно это отрицал, и, согласно официальному отчету ВМС США, виной гибели советской субмарины был "трагический взрыв на борту".
