Он обвиняется по шести пунктам, включая убийство и вступление с Усамой бин Ладеном в заговор с целью совершения террористических актов. По четырем из обвинений ему может грозить смертная казнь, и пожизненное заключение — еще по двум.
Муссауи был задержан 17 августа и во время событий 11 сентября находился в заключении. Следователи выяснили, что за месяц до нападения на США он хотел брать уроки летного дела в штате Миннесота.
Власти заявляют, что он учился в Американской школе пилотов и говорил инструкторам, что его не интересуют ни взлет, ни посадка самолета.
Обвиняемый вначале был арестован по обвинениям в нарушении въездного режима, но после 11 сентября его сочли важным свидетелем по делу о нападении на США, который мог обладать ключевой информацией о предмете расследования.
Однако впоследствии американские власти пришли к выводу о том, что, не случись этого, он стал бы одним из угонщиков, совершивших теракты.
По словам министра юстиции США Джона Эшкрофта, Муссауи являлся активным участником плана нападения, в результате которого погибли более трех тысяч человек.