По словам очевидцев, днем 26 января, около 16:30, Чаплин сидел на лавочке у своего храма. Внезапно ему стало плохо, он упал. "Через 15 минут приехавшая скорая констатировала смерть", — рассказал прихожанин по имени Александр.
В храме изданию "Подъем" подтвердили информацию о смерти Чаплина.
С 31 марта 2009 г. по 24 декабря 2015 г. Чаплин занимал пост председателя Синодального отдела по взаимоотношениям Церкви и общества. На этом посту он прославился резонансными и неоднозначными высказываниями. Например, в эфире радио «Эхо Москвы» он заявил о необходимости убийств ракетными ударами с воздуха политических эмигрантов на территории государств, куда те уехали, и созданию спецподразделений, что будут исполнять казни на территории других государств. В конце 2010 года Чаплин высказал мнение, что женщины своим вызывающим видом и манерами могут спровоцировать мужчин на изнасилование.