Устименко обвиняется в групповом вооруженном ограблении, подделке документов и их использовании, умышленном уничтожении имущества, а также хранении и использовании взрывчатых веществ, запрещенных в гражданском обращении.
Полиция также обвиняет Устименко в изготовлении взрывных устройств, похищении огнестрельного оружия и боеприпасов, убийстве нескольких человек при отягчающих обстоятельствах в целях наживы и покушениях на убийство еще нескольких людей.
Обвинения касаются преступлений, предположительно совершенных Устименко в Эстонии в течение короткого времени — взрыва магазина охоттоваров в самом центре Таллинна, убийство продавщицы в Тарту и нанесение тяжелого ранения другой продавщице в том же городе, убийство таксиста в Таллинне, убийство работника оружейного магазина в Таллинне, убийство инкассатора в Силламяэ и нанесение ранения помощнику инкассатора.
Эстонская полиция не стала предъявлять Устименко обвинения в связи с убийством полицейского на территории Латвии, поскольку расследованием этого преступления занимается латвийский угрозыск. Кроме того, результаты экспертизы дают основания предполагать, что латвийского полицейского во время перестрелки убил приятель Устименко, Дмитрий Медведев, который через несколько минут после этого сам был застрелен.
Устименко отрицает все убийства и утверждает, что их совершил его приятель Дмитрий Медведев, погибший во время перестрелки с полицейскими в Латвии.
По версии следствия, Юрий Устименко и Дмитрий Медведев дезертировали из петербургского военно-морского училища, после чего нелегально пересекли границу Эстонии, где совершили ряд преступлений, затем перебрались в Латвию, откуда Устименко уже в одиночестве добрался до Литвы, затем пересек границу Польши, где и был задержан местными пограничниками.
Суд Польши приговорил Устименко к краткосрочному лишению свободы за незаконный переход границы и незаконное владение огнестрельным оружием, чтобы таким образом упростить его передачу эстонским властям.