Накануне II Мировой войны Владыка Сергий был направлен в Прибалтику с целью объединения разрозненных православных церквей Литвы, Латвии и Эстонии в Прибалтийский Экзархат.
С началом войны Владыка не эвакуировался, а остался в оккупации. Его дальнейшая судьба необычайна и трагична. Человек сильной воли, гибкого и смелого ума, мужества и крепкой веры, он героически и жертвенно исполнял свой долг пастыря и главы Прибалтийского Экзархата. Владыке удалось отстоять церковное единство и взаимосвязь Экзархата с Московской Патриархией, его огромной заслугой было его попечение о военнопленных красноармейцах.
Фашисты наложили категорический запрет на общение православного духовенства с военнопленными, но на какое-то время Владыка добился отмены этого запрета в пределах возглавляемого им Экзархата. Несомненна ведущая роль митрополита Сергия в открытии Псковской Духовной Миссии на оккупированных землях Псковской, Новгородской и Ленинградской областей. Многие историки утверждают: то, что сделали ставшие псковскими миссионерами латвийские священники до сих пор неповторимо в мировой практике.
29 апреля 1944 года на пустынном участке шоссе Вильнюс - Рига машина Патриаршего Экзарха Прибалтики митрополита Сергия была расстреляна автоматчиками. Митрополит Сергий и его спутники погибли. Чтобы замести следы, фашисты пытались списать это убийство на красных партизан, однако сейчас уже известны имена подлинных организаторов этого злодеяния.