Согласно закону о религиозных организациях, в Латвии запрещена одновременная регистрация более чем одной церкви в рамках одной конфессии. Таким образом, раскольнические церкви в стране оказываются официально непризнанными. В последнее время проблемы с регистрацией возникали у нескольких независимых иудаистских общин и общин староверов.
Ограничением религиозной свободы Госдеп США считает также разрешение преподавать в государственных школах уроки религии только представителям традиционных конфессий. Кроме того, многие зарубежные миссионеры и священники испытывают трудности при оформлении виз.
Также Госдепартамент указал в числе минусов и тот факт, что несколько лютеранских, православных и иудаистских общин вынуждены годами ждать возврата их бывшей собственности или хотя бы компенсации за нее. Обеспокоенность американского внешнеполитического ведомства вызывает также рост в Латвии антисемитских настроений.