Нефертити - главная жена фараона Эхнатона, у них были дети — шесть дочерей. Раньше генетические данные указывали на то, что матерью Тутанхамона была другая.
Но в 2005 году археологи, радиологи и генетики с помощью компьютерной томографии и генетического анализа показали, что отцом Тутанхамона следует считать Эхнатона, а матерью — не одну из его известных ныне жен, а одну из пяти сестёр. Какую именно — сказать трудно.
Учитывая многочисленные врождённые дефекты Тутанхамона, в том числе деформированную ногу, слегка расщеплённое нёбо, умеренный сколиоз (искривление позвоночника), нетрудно поверить в то, что он был плодом инцеста, широко распространённого в царской семье.
Последующий анализ под надзором Захи Хавасса (главного на тот момент чиновника по египетским древностям), проведённый в 2010 году, подтвердил предположение об отцовстве Эхнатона. Тем не менее некоторые специалисты продолжают отвергать эту гипотезу, считая, что Тутанхамон заключил брак с Анхесенамон, дочерью Эхнатона, только для того, чтобы легитимизировать свои претензии на корону.
Марк Габольд, директор археологической экспедиции Университета Монпелье III им. Поля Валери (Франция) в Царском некрополе Эль-Амарны, пришёл к выводу, что данные о ДНК неверно истолкованы. По его словам, генетическая близость стала результатом браков между двоюродными братьями и сёстрами на протяжении трёх поколений.
Именно поэтому ДНК отпрыска этого третьего поколения выглядит как ДНК дитяти брата и сестры. В действительности Тутанхамон, скорее всего, был плодом союза кузенов, и на эту роль больше всего подходят Эхнатон и Нефертити.