Решение об утилизации подлодки приняла Объединенная судостроительная корпорация, которой понадобилась стапельная площадка с находящимися на ней останками К-3 для реализации другого проекта — утилизации плавучей технической базы "Лепсе", разделка которой должна начаться весной 2014 года.
На "Лепсе" хранится около 700 отработанных урановых стержней от советских ледоколов, представляющих экологическую угрозу. Часть стержней повреждена. В случае какой-либо аварии на "Лепсе" под угрозой заражения окажутся Баренцево и Карское моря, а также половина стран Европы. Для извлечения отработанного ядерного топлива необходимо резать корпус "Лепсе".
К-3 в настоящее время разделена пополам, с подлодки снят реакторный отсек (его затопили в Карском море в 1990-х годах). В 2003 году на Морской коллегии при правительстве России было принято решение переоборудовать "Ленинский комсомол" в музей подводных сил и отбуксировать на вечную стоянку в Санкт-Петербург.
Разработку проекта восстановления корабля в 2008 году доверили Санкт-Петербургскому морскому бюро машиностроения "Малахит", однако проект так и не был реализован. В частности, на восстановление подлодки не были выделены необходимые средства в размере 400-650 миллионов рублей.
На заводе "Нерпа" надеются спасти "Ленинский комсомол" от утилизации. Предприятие уже подготовило отсек, который можно установить вместо вырезанного реакторного. После соединения всех частей подлодки ее можно будет спустить на воду, где она сможет еще несколько лет ждать решения чиновников о дальнейшей судьбе. На проведение всех работ "Нерпе" необходимы 50 миллионов рублей.
К-3, первая советская и третья в мире атомная подводная лодка, была построена в 1957 году и вступила в состав ВМФ СССР в 1958 году. Из-за того, что корабль строился в спешке, а также из-за новизны многих использованных технологий, корабль регулярно требовал ремонта и переделок.
В 1967 году во время боевого дежурства в Норвежском море произошел пожар, из-за которого погибли 39 человек. Корабль сумел самостоятельно вернуться на базу. В 1991 году подлодку вывели из состава ВМФ России.