Стрельба началась около 18:10 по Москве (17:10 по рижскому времени). Центр общественных связей ФСБ сообщил агентству "Москва" следующую версию событий: три человека зашли в здание ФСБ и открыли огонь — двое были сразу же убиты охраной, а третий сумел выбежать на улицу. Он застрелил сотрудника патрульной службы, забежал в здание и забаррикадировался там, продолжая вести прицельный огонь. Примерно в 19:15 (18:15 по рижскому времени) спецназ убил и третьего нападавшего. ФСБ сообщила, что считает случившееся терактом.
Однако затем тот же источник сообщил агентству "Интерфакс", что нападавший был один и проникновения в здание ФСБ не было. В результате перестрелки погиб один сотрудник спецслужбы. Кроме того, Следственный комитет официально объявил, что завел дело по статье о покушении на жизнь сотрудника правоохранительных органов, а не по статье теракт.