Один из беспилотников пролетел к северу от Сеула.
Южнокорейские военные заявили, что дали несколько предупредительных выстрелов, а затем подняли в воздух истребители и вертолеты, однако попытки сбить беспилотники пока не увенчались успехом.
Южнокорейские военные засекли беспилотники при пересечении границы примерно в 10:30 по местному времени (01:30 GMT).
Один из южнокорейских военных самолетов, участвовавших в операции по перехвату, легкий штурмовик KA-1, позже разбился, но два его пилота сумели катапультироваться.
Самолет упал на землю вскоре после взлета в уезде Хоэнсон, к востоку от Сеула, сообщили представители ВВС страны, которых цитирует Yonhap.
Южная Корея также приостановила взлет и посадку самолетов в аэропортах Инчхон и Гимпо примерно на час.
Полеты беспилотников — новый виток напряженности на Корейском полуострове. В последнее время Пхеньян провел значительное количество ракетных испытаний.
Южнокорейский военный чиновник назвал последнее вторжение явной провокацией со стороны Пхеньяна.
"Наши военные будут продолжать решительно реагировать на провокации Северной Кореи", — добавил он.
Последний раз северокорейский беспилотник пересекал границу пять лет назад в июне 2017 года, когда напряженность в отношениях между двумя Кореями достигла пика.
Ранее в декабре Северная Корея заявила, что провела крупные испытания, необходимые для создания первого спутника-шпиона, который можно использовать для шпионажа за Южной Кореей.
Пхеньян опубликовал снимок Сеула с воздуха, который, по заявлению властей КНДР, был сделан во время испытаний.