В протесте говорится, что приняв решение о передаче дела на дополнительное досудебное расследование, Судебная палата нарушила принцип состязательности, поскольку не выслушала мнения сторон, лишив стороны возможности реализовать свои предусмотренные законом права, а также превысила границы рассмотрения дела.
Прокуратура считает необоснованным указание суда на то, что в материалах дела точно не установлено, был ли Кононов представителем оккупационной власти, поскольку он сражался на стороне антигитлеровской коалиции. Суд не учел, что СССР, оккупировавший Латвию в 1940 году, после немецкой оккупации не издал ни одного законодательного акта, которым отказывался бы от Латвии. "Таким образом несомненно доказано, что в момент совершения преступления 21 мая 1944 года Латвия находилась в состоянии двойной оккупации - СССР и Германией", говорится в протесте прокуратуры. В документе говорится также, что Кононова в момент совершения преступления следует считать военнослужащим армии СССР, следовательно, в Латвии его следует считать представителем оккупационной власти.
По мнению прокуратуры, не основано на требованиях закона и указание суда о необходимости заключения специалиста по истории и международному праву, которое следует дать во время дополнительного досудебного расследования. Прокуратура считает, что в случае необходимости экспертизу можно было провести и во время судебного расследования.