Во втором тайме давление хозяев на ворота соперника не ослабевало, а тот, в свою очередь, пытался подловить питерцев на контратаке. Несколько раз игроки "Зенита" падали в чужой штрафной, но английский судья Райли оставлял это без последствий. Несмотря на постоянные навесы в штрафную марсельцев, остроты у владений Манданды не хватало. Французский клуб сумел перевести игру к центру поля, наладил контроль за мячом, и команда Дика Адвоката, который за игрой наблюдал из ложы, несколько увязла в силовой борьбе.
На 78-й минуте "Зениту" удалась изящная атака, начал которую Зырянов, продолжил пасом пяткой вышедший на замену Текке, а завершил убойным ударом в "девятку" Погребняк — 2:0 и по сумме двух матчей российский клуб получил преимущество. "Зенит" не утратил бдительности на последних минутах, не позволяя противнику перейти в наступление. На 86-й минуте после подачи углового четко сыграл Малафеев, а спустя несколько минут в штрафной "Зенита" возникла суматоха и вратарь выручил еще раз после удара Вальбуэны. При этом Малафеев получил травму, но продолжил игру. На 3-й добавленной минуте Аршавин едва не забил третий гол, но счет остался прежним.
Зенит — Марсель — 2:0 (1:0)
Зенит: Малафеев, Ширл, Крижанац, Широков, Анюков, Тимощук, Зырянов, Денисов, Файзулин (Текке, 75), Аршавин, Погребняк.
Марсель: Манданда, Тайво, Сана, Живе (Айю, 89), Боннар, Шейру, М'Бами, Ньянг, Насри, Вальбуэна, Сиссе.
Предупреждения: Денисов 9, Мбами 34, Тимощук 65, Сиссе 68, Аршавин 90.
Голы: Погребняк 39, 78.