Поместье впервые было упомянуто в исторических документах о Малпилсском замке Ливонского ордена в XV веке. Замок находился примерно на расстоянии километра от теперешнего поместья, примерно в 150 м на восток от Малпилсской лютеранской церкви. Считается, что замок был построен во второй половине XIV века. В 1625 году замок сменил своего владельца и стал принадлежать полковнику Нильсу Ассерсону Маннершильду.
Во время польско-шведской войны стены замка были разрушены, польская армия, отступая, взорвала их. В 80-х годах XVII века была выполнена редукция поместья, и Малпилс перешел в собственность государства. В 1753 году российская императрица Елизавета дарует Малпилсское поместье жене полковника Мелгунова и некоей, никому неизвестной, госпоже Штраус. Поместье было перенесено на то место, где и расположено по сей день.
