Вскоре после вынесения приговора Кононов обратился в Страсбургский суд, потребовав признать незаконными действия латвийских властей и выплатить ему более пяти миллионов евро компенсации за нанесение морального вреда. В 2008 году Страсбургский суд вынес решение в пользу Кононова и постановил выплатить ему компенсацию в размере 30 тысяч евро; сумму компенсации бывший партизан тогда назвал "издевательством".
Тем не менее в январе 2009 года Латвия успешно обжаловала решение Страсбургского суда, и теперь дело Кононова будет рассмотрено вновь, однако уже в Большой палате ЕСПЧ.
Как заявил радиостанции адвокат Кононова Михаил Иоффе, в связи с тем, что дело Кононова будет пересмотрено, защита потребует также пересмотреть все ранее вынесенные решения ЕСПЧ по этому делу. По словам Иоффе, ранее суд отказался рассматривать факты нарушения Латвией шести статей конвенции "О защите прав человека и основных свобод".