При этом он подчеркнул, что на данный момент СБУ не расследует ни одного уголовного дела, связанного с возможной причастностью Тимошенко к госизмене.
В сентябре 2008 года заместитель главы СП Андрей Кислинский призывал Тимошенко доказать отсутствие признаков государственной измены в ее действиях. Премьер заявляла, что считает обвинения Секретариата в государственной измене абсурдными.
Также Наливайченко заявил, что в вопросе 11 млрд. куб.м газа, закачанного компанией "Росукрэнерго" в украинские подземные хранилища газа, СБУ будет защищать интересы государства. "По гражданско-правовому соглашению НАК "Нефтегаз Украины" приобрела право собственности на этот газ", — сказал он.
Также СБУ отрицает причастность высших должностных лиц Украины к финансированию сепаратистского движения подкарпатских русинов. По словам Наливайченко, в ходе расследования уголовного дела о сепаратизме СБУ не обнаружила фактов, подтверждающих заявления о причастности некоторых депутатов Рады и главы Секретариата президента Виктора Балоги к деятельности русинских организаций.
При этом Наливайченко отметил, что СБУ имеет в своем распоряжении информацию, которая подтверждает финансирование этой сепаратистской организации из-за границы. Председатель СБУ подчеркнул, что русинство — это не проблема для украинского государства, и русины — часть украинского народа.