Вместе с Мохаммедом, который сам провозгласил себя главным организатором атак 11 сентября, обвинения предъявлены еще четверым подозреваемым в причастности к организации терактов. Это Валид бин Атташ, Рамзи Бинальшиб, Али Абд аль Азиз Али и Мустафа Ахмад аль Хавсави.
Все пятеро подсудимых обвиняются в преступном сговоре, убийствах, нарушении законов военного времени, нападении на мирное население, уничтожении собственности, угоне воздушных судов и терроризме. Обвинители рекомендовали счесть их преступления тягчайшими, то есть в качестве наказания может быть избрана смертная казнь. Каждому предъявлены и некоторые индивидуальные обвинения.
Те же обвинения предъявлялись подсудимым и раньше, однако они были сняты в 2009 году, когда администрация Барака Обамы предложила передать дела организаторов терактов гражданскому суду в Нью-Йорке. Эта инициатива столкнулась со значительным противодействием (в частности — со стороны мэра Нью-Йорка Майкла Блумберга).
В апреле 2011 года было объявлено, что Мохаммеда и его сообщников будет судить военный трибунал в Гуантанамо, где они находились в течение нескольких лет. Сообщалось, что в стенах тюрьмы Халид Шейх Мохаммед неоднократно подвергался пыткам водой (в материалах суда говорится о 183 случаях).
Как сообщалось, в марте была обнародована прежде неизвестная видеозапись, сделанная 11 сентября 2001 года на месте гибели двух небоскребов Всемирного торгового центра в Нью-Йорке.
Последствия теракта сняли с полицейского вертолета, кружившего возле Башен-близнецов в надежде спасти уцелевших людей, выбравшихся на крыши. Однако в тот день экипажу вертолета не удалось спасти никого — полицейские едва успели выбраться из опасной зоны сами.