Мораторий на пуски МБР с Байконура в рамках программы продления сроков службы, по словам главы Роскосмоса, был введен в 2009 году. Россия продолжает арендовать космодром Байконур до 2050 года.
В 1997 году началась поэтапная передача военных объектов на территории Байконура Роскосмосу, в результате чего к 2002 году большая часть площадок космодрома оказалась под контролем гражданских организаций.
В 2005 году базирующиеся на Байконуре космические войска приступили к завершающему этапу передачи военной инфраструктуры Роскосмосу. В 2007 году на Байконуре присутствовали около 500 российских военнослужащих.
В настоящее время на космодроме базируется небольшая войсковая часть 11284, отдельное испытательное управление космических войск России. Испытательные пуски баллистических ракет, в том числе по программе продления сроков эксплуатации, военные в настоящее время производят с российских площадок, преимущественно Капустин Яр и Плесецк.
Последний запуск баллистической ракеты — РС-18 (УР-100Н УТТХ) — с космодрома Байконур был произведен в октябре 2008 года. Пуск был признан успешным.