Вяхирев занимал пост руководителя газовой компании с 1992 года, а до этого являлся первым заместителем главы компании. Он стал председателем правления концерна после ухода Виктора Черномырдина, занимавшего этот пост, на работу в правительство.
При Вяхиреве произошло акционирование "Газпрома". Изначально в федеральной собственности было закреплено 40 процентов акций. Руководство концерна получило 35 процентов голосов. Кроме того, в интересах менеджмента "Газпрома" акциями владели еще некоторые "свои" структуры. Об этом Вяхирев рассказывал в интервью журналу Forbes в сентябре прошлого года.
В 2001 году Вяхирев оставил руководство компанией. "Допекли меня, невозможно работать: обложили, как медведя в берлоге, всякими дуростями, проверками", — сетовал бывший глава концерна. Кроме того, по его словам, Владимир Путин после прихода к власти начал "вопросы задавать довольно-таки интересные".
После ухода с поста председателя правления компании Вяхирев являлся членом совета директоров до июня 2002 года и советником президента. Бывшему главе "Газпрома" принадлежали 0,01182 процента акций концерна.