Подлодку нашли в ходе работ по поиску и обследованию затонувших боевых кораблей ВМФ СССР, погибших в годы Великой Отечественной войны, которые проводятся офицерами БФ совместно с сотрудниками Западного отделения Института океанологии РАН имени П.П.Широкова.
Недавно специалисты получили примерные координаты места гибели С-4. Спасатели Балтфлота вышли в море для проверки этой информации. При обследовании морского дна они обнаружили затонувшую субмарину, лежащую на ровном киле, на глубине 70 метров. Дополнительный осмотр корабля показал, что его внешний вид и вооружение соответствуют советским лодкам типа "С" серии IX-бис.
В управления поисковых и аварийно-спасательных работ БФ отметили, что не существует данных о других подводных лодках, погибших в этом районе. Это позволяет предположить, что поисковая бригада нашла именно С-4.
С-4 — торпедная подводная лодка серии IX-бис, выпущенная в 1936 году, вступила в строй 27 ноября 1939 года. Субмарина участвовала в Финской и Великой Отечественной войне.
Вечером 1 января 1945 года С-4 в последний раз вышла в эфир. Командир субмарины докладывал об уничтожении одного судна противника и продолжении патрулирования. Неразборчивая работа радиостанции, иногда приписываемая С-4, принималась плавбазой "Иртыш", которая находилась в Хельсинки 7 и 18 января.
Существуют две версии гибели С-4. По первой, подлодка стала жертвой таранного удара и глубинных бомб германского миноносца Т-3 в ночь на 4 января 1945 года. По другой, 6 января западнее Брюстерорта (ныне — мыс Таран) лодку таранил и потопил миноносец Т-33 из состава 2-й боевой группы кораблей, прикрывающих приморский фланг обороны Вермахта. Вместе с С-4 погибли все 48 членов экипажа.