В ней участвовали 32 команды, разбитые на две корзины. Статус сеяных получили 12 победителей группового этапа, а также 4 лучших клуба из числа занявших третьи места в Лиге чемпионов ("Севилья", "Валенсия", "Галатасарай" и "Шахтер"), несеяными оказались остальные четыре выходца из ЛЧ плюс дюжина клубов, финишировавших вторыми на групповом этапе Лиги Европы.
Команды, игравшие между собой в группе, и представители одной национальной ассоциации не смогут встретиться друг с другом на стадии 1/16 финала. Как и в Лиге чемпионов, согласно решению исполкома УЕФА, разведены по разным парам команды из России и Украины. При этом турецкие и российские клубы УЕФА разводить не стал, несмотря на внешнеполитическое напряжение между этими странами, наметившееся в последнее время. И как раз московский "Локомотив" получил снова в соперники представителя Турции — "Фенербахче". На групповой стадии железнодорожники уже играли с "Бешикташем" и матч в гостях многие болельщики российской команды вспоминают с самой негативной стороны.
