Новая религиозная община насчитывает десять священнослужителей и намерена в ближайшее время сформировать руководящие органы. Экзархат возглавил эстонский священник Юстинус Кивилоо, который в начале января совершил свою первую службу в Литве. Остальные священники ранее служили в православной церкви Московского патриархата: шестеро в Литве, двое в Беларуси и один в России.
Из-за поддержки войны России против Украины патриархом Кириллом эти девять священнослужителей вступили в конфликт с руководством Русской православной церкви (РПЦ). В 2022 году митрополит Виленский и Литовский Иннокентий отстранил пятерых из них от служения и священства. Вселенский патриарх Варфоломей восстановил их в сане и принял в свою юрисдикцию. В марте 2023 года Варфоломей посетил Вильнюс и подписал соглашение с правительством Литвы о создании в этой стране экзархата Константинопольского патриархата.
В литовской епархии РПЦ спокойно отнеслись к появлению еще одной православной церкви в стране. Митрополит Иннокентий заявил, что новую религиозную общину необходимо принять как "реальность нашего времени". Как отмечают СМИ, с начала полномасштабного военного вторжения России в Украину епархия стремилась к большей независимости от Московского патриархата.
В Литве насчитывается 105 тысяч православных верующих, большинство из них принадлежат к русскоязычному меньшинству. В другой балтийской стране — Эстонии — православные церкви Московского и Константинопольского патриархатов сосуществуют уже на протяжении десятилетий.
