Новая религиозная община насчитывает десять священнослужителей и намерена в ближайшее время сформировать руководящие органы. Экзархат возглавил эстонский священник Юстинус Кивилоо, который в начале января совершил свою первую службу в Литве. Остальные священники ранее служили в православной церкви Московского патриархата: шестеро в Литве, двое в Беларуси и один в России.
Из-за поддержки войны России против Украины патриархом Кириллом эти девять священнослужителей вступили в конфликт с руководством Русской православной церкви (РПЦ). В 2022 году митрополит Виленский и Литовский Иннокентий отстранил пятерых из них от служения и священства. Вселенский патриарх Варфоломей восстановил их в сане и принял в свою юрисдикцию. В марте 2023 года Варфоломей посетил Вильнюс и подписал соглашение с правительством Литвы о создании в этой стране экзархата Константинопольского патриархата.
